| | | 一級河川
| 水系名 | 河川名 | 所在地 | 流域面積(k平方メートル) | 実測延長(km) | | 本明川 | 土井川 | 雲仙市吾妻町 | 4.72 | 1.960 | | 田川原川 | 雲仙市吾妻町 | 1.76 | 2.292 | | 山田川 | 雲仙市吾妻町 | 5.26 | 5.561 | | 長谷川 | 雲仙市吾妻町 | 2.48 | 2.105 | | 黒仁田川 | 雲仙市吾妻町 | 1.82 | 0.723 | | 有明川 | 雲仙市愛野町 | 9.90 | 4.794 | | 千鳥川 | 雲仙市愛野町 | 5.51 | 3.919 | | 今木場川 | 雲仙市愛野町 | 1.50 | 1.858 |
二級河川
| 水系名 | 河川名 | 所在地 | 流域面積(k平方メートル) | 実測延長(m) | | 神代川 | 神代川 | 雲仙市国見町 | 15.31 | 4,341 | | みのつる川 | 雲仙市国見町 | (3.94) | 1,310 | | 土黒川 | 土黒川 | 雲仙市国見町 | 16.78 | 8,554 | | 土黒西川 | 雲仙市国見町 | (6.14) | 3,170 | | 栗谷川 | 栗谷川 | 雲仙市国見町 | 5.00 | 4,477 | | 多比良川 | 多比良川
| 雲仙市国見町 | 2.60 | 3,800 | | 倉地川 | 倉地川 | 雲仙市国見町 | 2.50 | 3,212 | | 後牟田川 | 雲仙市国見町 | (0.05) | 300 | | 西郷川 | 西郷川 | 雲仙市瑞穂町 | 13.34 | 7,634 | | 船津川 | 船津川 | 雲仙市瑞穂町 | 2.40 | 3,270 | | 松江川 | 松江川 | 雲仙市瑞穂町 | 2.70 | 3,900 | | 権現川 | 権現川 | 雲仙市瑞穂町 | 1.39 | 2,945 | | 田内川 | 田内川 | 雲仙市吾妻町 | 5.00 | 5,045 | | 千々石川 | 千々石川 | 雲仙市千々石町・小浜町 | 35.37 | 12,680 | | 上峯川 | 雲仙市千々石町 | (11.74) | 1,898 | | 清水川 | 雲仙市千々石町 | (4.71) | 1,950 | | 境川 | 境川 | 雲仙市小浜町 | 8.04 | 4,200 | | 川内川 | 川内川 | 雲仙市南串山町 | 3.00 | 2,000 | | 小津波見川 | 小津波見川 | 雲仙市南串山町 | 1.13 | 1,288 |
※括弧内は内数
(資料：長崎県島原振興局「島原半島要覧2018」) | | |
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