| | | 市内指定文化財
| 種別 | 名称 | 所在地 | 指定者 | 指定年月日 | | 天然記念物 | 土黒川のオキチモズク発生地 | 国見町土黒宮田名字平松他 | 国指定 | 昭和36年5月1日 | | 天然記念物 | 池ノ原のミヤマキリシマ群落 | 小浜町雲仙 | 国指定 | 昭和3年3月31日 | | 天然記念物 | 原生沼沼野植物群落 | 小浜町雲仙 | 国指定 | 昭和3年3月31日 | | 天然記念物 | 野岳イヌツゲ群落 | 小浜町雲仙 | 国指定 | 昭和3年3月31日 | | 天然記念物 | 地獄地帯シロドウダン群落 | 小浜町雲仙 | 国指定 | 昭和3年3月31日 | | 天然記念物 | 普賢岳紅葉樹林 | 小浜町雲仙 | 国指定 | 昭和3年3月31日 | | 特別名勝 | 温泉岳 | 小浜町ほか | 国指定 | 昭和27年3月29日 | | 天然記念物 | 平成新山 | 島原市・雲仙市小浜町 | 国指定 | 平成16年4月5日 | | 登録有形文化財 | 雲仙観光ホテル | 小浜町雲仙320 | 国登録 | 平成15年1月31日 | | 重要伝統的建造物群 | 雲仙市神代小路伝統的建造物群保存地区 | 国見町神代丙字小路、字城上の一部 | 国選定 | 平成17年7月22日 | | 重要文化財 | 旧鍋島家住宅 | 雲仙市国見町神代丙103-1 | 国指定 | 平成19年6月18日 | | 史跡 | 小浜町土手之元のキリシタン墓碑（4基） | 小浜町飛子字土手之元414 | 県指定 | 昭和2年11月8日 | | 史跡 | 小浜町椎山のキリシタン墓碑 | 小浜町飛子名字椎山232 | 県指定 | 昭和2年11月8日 | | 史跡 | 小浜町茂無田のキリシタン墓碑 | 小浜町木場東中島41 | 県指定 | 昭和52年5月4日 | | 史跡 | 南串山町のキリシタン墓碑（3基） | 南串山町荒牧名字門前甲2608-1 | 県指定 | 昭和2年11月8日 | | 史跡 | 鬼の岩屋 | 国見町多比良丁351 | 県指定 | 昭和34年1月9日 | | 天然記念物 | 長栄寺のヒイラギ | 国見町神代丙548 | 県指定 | 昭和24年5月20日 | | 有形民俗文化財 | 蛙石 | 国見町神代辛1409番地 | 市指定 | 平成5年2月10日 | | 史跡 | 金山古墳 | 国見町多比良戊361番地 | 市指定 | 平成5年2月10日 | | 史跡 | 原口古墳 | 国見町多比良丁1268番地 | 市指定 | 平成5年2月10日 | | 史跡 | 大坪家墓所 | 国見町神代己1684番地 | 市指定 | 平成5年2月10日 | | 史跡 | 本覚寺跡 | 国見町神代辛985番地 | 市指定 | 平成5年2月10日 | | 史跡 | 皮籠石 | 国見町神代丁167番地3 | 市指定 | 平成5年2月10日 | | 天然記念物 | 烏兎神社境内のスギ | 国見町土黒庚1659番地1 | 市指定 | 平成5年2月10日 | | 天然記念物 | タブワラのタブノキ | 国見町神代丁783番地1 | 市指定 | 平成5年2月10日 | | 天然記念物 | 神代川のオキチモズク発生地 | 国見町神代東里名字拂川、東里名字駄飼石 | 市指定 | 平成9年2月26日 | | 有形文化財 | バッシャ船遭難の絵図 | 国見町多比良甲382～390番地 | 市指定 | 平成9年2月26日 | | 天然記念物 | 鍋島邸の緋寒桜 | 国見町神代丙103番地1 | 市指定 | 平成17年1月14日 | | 史跡 | 杉峰城跡 | 瑞穂町西郷己1183～1187番地 | 市指定 | 平成17年3月18日 | | 史跡 | 柿の本古墳 | 瑞穂町古部甲1430番地 | 市指定 | 平成17年3月18日 | | 有形文化財 | 山田古地図 | 市教育委員会 | 市指定 | 昭和61年3月28日 |
| 史跡 | 中熊台地遺跡 | 吾妻町永中名773 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 史跡 | 弘法原遺跡 | 吾妻町川床名 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 史跡 | 浜津石棺遺跡 | 吾妻町本村名171 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 史跡 | 吾妻支石墓 | 吾妻町大木場名 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 史跡 | 山田地区条里遺構 | 吾妻町牛口名 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 吹の原猿石 | 吾妻町永中名936 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 英彦山神社の仏足石 | 吾妻町田ノ平名 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 吹の原石棺線刻 | 吾妻町永中名694 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 剱柄神社の手洗い鉢盃状穴 | 吾妻町本村名60 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 柿田の逆修碑 | 吾妻町栗林名493 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 守山地区の猿田彦群 | 吾妻町守山地区内 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 阿母名の鎌倉板碑 | 吾妻町阿母名1151-1 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 阿母山の水神神代文字 | 吾妻町阿母名 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 矢武社の神本石 | 吾妻町古城名 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 守山のスクイ | 吾妻町本村名地先 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 牛口西の六地蔵 | 吾妻町牛口名253 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 柿田の道祖神 | 吾妻町布江名 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 有形民俗文化財 | 三室の佐用姫石像 | 吾妻町本村名640 | 市指定 | 昭和61年3月28日 | | 史跡 | 一本松古墳 | 愛野町甲字鬼塚1329番 | 市指定 | 平成17年2月1日 | | 史跡 | 首塚古墳 | 愛野町乙字首塚3566番 | 市指定 | 平成17年2月1日 | | 史跡 | 藩境石塚 | 愛野町乙字山王2番18 | 市指定 | 平成17年2月1日 | | 史跡 | 釜蓋城跡 | 千々石町小倉名城山地区一帯 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 史跡 | 阿弥陀寺跡 | 千々石町小倉名馬場地区一帯 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 史跡 | 女人堂跡 | 千々石町庚字白木原4987番 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 史跡 | 犬丸古墳 | 千々石町甲字元江1番26 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 有形文化財 | 橘中佐銅像 | 千々石町戊字佐屋979番地 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 有形文化財 | キリシタン遺物ウグルス | 千々石町己字大操子379番 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 有形文化財 | キリシタン遺物神父像 | 千々石町己字北城平783-4 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 有形文化財 | キリシタン遺物弘法様 | 千々石町丁字岡東1782番地 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 史跡 | キリシタン遺物摩崖仏 | 千々石町庚字茶木高野4956-1 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 史跡 | 大泉寺跡 | 千々石町戊字林田353-1付近 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 有形文化財 | 釧雲泉の屏風絵 | 市教育委員会 | 市指定 | 平成12年3月6日 | | 有形文化財 | 馬場家文書 | 南串山町甲2717番地4 | 市指定 | 平成25年12月27日 | | 有形文化財 | 高下古墳出土品一括（207点） | 市教育委員会 | 市指定 | 平成28年5月16日 | | 有形文化財 | 倉地川古墳出土品一括（73点） | 市教育委員会 | 市指定 | 平成28年5月16日 | | 有形文化財 | 百花台遺跡出土品一括（116点） | 市教育委員会 | 市指定 | 平成28年5月16日 |
（資料：教育委員会 生涯学習課） | | |
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